Os cistos ovarianos funcionais são os tipos mais comuns de cistos ovarianos. Eles geralmente desaparecem sozinhos e na maioria das vezes não necessitam de tratamento. Algumas vezes podem crescer e tomar grandes dimensões ou permanecer aumentados por vários meses. Nesses casos devem ser removidos para determinar se são realmente benignos.

Medicações

Os anticoncepcionais orais podem ajudar a regular o ciclo menstrual e evitar a formação de folículos que podem se transformar em novos cistos. Os anti-inflamatórios podem ajudar a reduzir a dor pélvica.

Este tipo de tratamento está reservado para aqueles casos em que há grande suspeita de um cisto ovariano funcional.

Cirurgia 

Atualmente a via de acesso padrão para qualquer procedimento cirúrgico é a laparoscopia. O cirurgião insufla a cavidade abdominal com gás e faz pequenas incisões na parede abdominal através das quais os instrumentos cirúrgicos são inseridos. O cirurgião identifica o cisto e pode removê-lo ou apenas o biopsiar.

Em alguns casos o cisto de ovário pode torcer e causar dor abdominal severa associada a náuseas e vômitos. Trata-se de uma emergência e a cirurgia é indispensável.